Ансамбль Троицкой церкви с колокольней и келейным корпусом

Руководитель творческого коллектива - Заслуженный архитектор России Андрей Анисимов
Архитекторы: Беляева Т.М., Тихановская А.С., Морозова Н.В., Баташова Ю.А., Кузьмина Д.Ю.
Инженеры: Смирнов Н.И., Тараскин Н.Е., Краус С.В., Похиляк Ю.М.

В первой половине XVII века на острове, на берегу длинного узкого морского залива, получившего название Троицкая губа, был основан Свято-Троицкий скит. Устроителем скита почитается постриженик Соловецкого монастыря преподобный Елеазар. На Анзере в уединении селились лишь иноки, искавшие пустынножительства.

В 1650 была построена и освящена каменная Троицкая церковь с приделами в честь иконы Божией Матери «Знамение» и преподобного Михаила Малеина, недалеко от храма построены кельи. Преподобный Елеазар пользовался большим уважением царя Алексея Михайловича, и в скит поступали щедрые пожертвования. 13 января 1656 года преподобный Елеазар отошел к Господу, и на Анзер в 1702 году был переведен иеромонах Иов, прежний духовник царской семьи. В 1757 году обретены святые мощи преподобного Елеазара и сооружена каменная часовня.

В 1801 - 1803 годах к Свято-Троицкому храму пристроен каменный двухэтажный братский корпус. В 1829 году поставлен деревянный двухэтажный корпус для трудников и паломников, в 1837 году - валунная баня и другие хозяйственные постройки. Несколько позднее возведена деревянная часовня в честь иконы Пресвятой Богородицы «Знамение».

По проекту архангельского архитектора Введенского в 1880-1884 годах заново отстроен Свято-Троицкий храм, перестроена колокольня. В это время в скиту были обновлены жилые и хозяйственные постройки, деревянные сооружения. Архитектурный облик скита значительно изменился, поскольку храм сооружен в неорусском стиле в отличие от церкви XVIII века, которая была построена в стиле барокко.

После Второй мировой войны на острове располагались различные подразделения вооруженных сил. Строения Свято-Троицкого скита использовались с хозяйственными целями. Заброшенный скит подвергался бесконтрольной и зачастую варварской эксплуатации.
В 1994 году начались реставрационные работы под руководством В.В.Сошина.
В настоящее время церковь и келейный корпус требуют восстановления и благоустройства. Регулярные богослужения в храме не проводятся. Келейный корпус скита непригоден для постоянного проживания братии.

С 2002 года по решению Святейшего Патриарха Алексия II скит находится на попечении Свято-Троицкой Сергиевой Лавры.